瞭解了「資料來源」之後，我們要明白到一件事情，由於健保的原始資料過於龐大，對研究者而言非常難以使用，因此國衛院會將健保局提供的資料建置為各類加值資料檔案，以利研究者使用，主要分成兩種：「制式光碟片」與「特殊需求申請」，其中制式光碟片又包括了①系統抽樣檔、②特定主題分檔及③抽樣歸人檔，以下將稍作說明。
一、 資料加值服務所提供的資料組合
（一） 基本資料檔
如國衛院網站所說明：醫事機構病床主檔（BED）、醫事機構診療科別明細檔（DETA）、醫事機構基本資料檔（HOSB）、專科醫師證書主檔（DOC）、醫事人員基本資料檔（PER）、重大傷病證明明細檔（HV），以及門診、住院費用總表等九類資料檔，製成一片檔光碟發行。承保檔雖屬基本資料（registry），因其檔案較大，另以「特定主題分檔」發行。
每一年度都會有其基本資料檔，因此如果研究時間涵蓋五年，那一般都會購買這五年的基本資料檔，共五片光碟。
不過這邊要補充說明，以上國衛院網站說：「製成一片檔光碟發行」可能是舊的資訊，應該是HV（重大傷病）獨立一片發行，因此每年的基本資料的費用固定為1千元（每年2片）
（二） 系統抽樣檔
系統抽樣檔有兩組資料，第一組是DD跟DO的系統抽樣，以該年度1/20的比例抽樣；第二組是CD與OO的系統抽樣，以該年度1/500的比例抽樣。但由於此類系統抽樣無法將同一個人的資料作「歸人」的處理，也就是說，若我們同時申請兩年的DD/DO系統抽樣檔，我們也無法辨識同一個人在這兩年是否皆有資料，因此一般研究比較少使用這類檔案。
（三） 特定主題分檔
特定主題分檔的檔案非常多種，但依照個人使用經驗，主要常用的還是HV（重大傷病）跟ID（承保檔），國衛院網站應該是把HV檔重複擺在「基本資料檔」以及「特定主題分檔」的位置了，不過筆者之前遇過HV檔是另外一片光碟，而其他基本資料檔則是合在一片光碟，因此可見HV檔仍然需要額外購買。ID承保檔雖然算是基本資料檔，但由於資料過於龐大，因為放了2300百萬人的承保資料，因此另外以特定主題分檔的方式發行。
由於承保檔可協助辨識病患的最後追蹤時間，一般研究一定都會包括此檔，如果研究期間涵蓋很長（1996～2012），承保檔的費用也不少，以2012年為例，承保檔一共五片光碟，每片500元，等於是2500元
（一） 歸人抽樣檔
（1） 承保抽樣歸人檔
承保抽樣歸人檔（LHID）是一般研究者進行健保資料庫最常用的套裝組合，又稱之為「百萬歸人檔」，以LHID2000為例，就是西元2000年所有在保的身份證字號（ID）中，隨機抽取100萬個ID，並且擷取每人各年所有就醫申報資料（包括門診CD/OO、住院DD/DO及特約藥局GD/GO），製成承保抽樣歸人檔。目前一共有LHID2000、LHID2005及LHID2010三套百萬歸人檔，不過目前比較少用LHID2010作研究，因為以2010在保作抽樣，若以前瞻性研究而言（Prospective study），其追蹤期可能不到4年（以目前2014年而言），因此目前通常以LHID2000及LHID2005較常見。
百萬歸人檔是作縱貫研究非常強大的一組資料，以LHID2000為例，我們可以有100萬人從1996～2012（會持續更新）這將近20年期間的所有就醫資料，包括住院、門診及慢性連續處方箋（特約藥局）的所有資料，因此非常適合作前瞻性研究或縱貫型研究。
若預算有限，也可不買到100萬人，以LHID2000為例，每一組為5萬人，因此也可以只買10組，這樣就變成50萬歸人檔。
不過百萬歸人檔有個限制，即不適合研究罕見疾病或罕見的暴露因子，若某疾病的每年發生率僅10萬分之1，以全台灣2300萬人來說，每年平均只有230人發病，若再除以23倍（100萬人除以2300萬人），則每年僅有10個病例，這樣的病例數恐怕不足以作有效的統計分析。
關於百萬歸人檔的詳細說明可參考國衛院網頁。若要買齊LHID2000的20組從1996～2012的資料，每一組共111片光碟，每片光碟為500元，因此共20組*17片*500元＝17萬元，這還不含一般的基本資料（DOC、HOSB、HV檔等），基本資料平均1年為2片，因此再加上2片*17年*500元＝1.7萬元，總成本約將近20萬元，也是所費不貲。
（2） 糖尿病人抽樣歸人檔
除了百萬歸人檔，國衛院還提供了「糖尿病人抽樣歸人檔」，每年從新增的糖尿病患者中隨機抽取12萬人，一樣可擷取1996～2012（會持續更新）的所有就醫資料。每年的12萬人皆分成3組發行，每一組包括4萬人。
關於糖尿病人抽樣歸人檔的詳細說明可參考國衛院網頁
（二） 特殊需求申請
「特殊需求」申請的意思是向國衛院申請某些條件的病人資料，通常都是符合某些條件、診斷、處置之下的病人，例如我們欲研究先天性心臟病（Congenital heart disease, CHD），但是由於人數稀少因此不適合用百萬歸人檔來研究，此時就可向國衛院申請特殊需求，例如申請所有符合先天性心臟病（ICD-9：740–759）病人從1996～2012（年份可自己選擇）期間的所有就醫資料，這等於是拿到全台灣所有CHD病人的就醫資料，也是非常強大的資料型態。
特殊需求內容包括門診處方及治療明細檔（CD）、門診處方醫令明細檔（OO）、住院醫療費用清單明細檔（DD）、住院醫療費用醫令清單明細檔（DO）、特約藥局處方及調劑明細檔（GD）、特約藥局處方醫令檔（GO）、物理治療所調劑檔（GDD）、物理治療所醫令檔（GOO）等8個檔案，可以不用一次申請全部檔案，例如可以只申請DD跟DO，等於是住院歸人檔的意思。
雖然特殊需求非常適合作學術研究，但是其費用非常高昂，國衛院對於特殊需求的收費方式是根據「讀取到多少資料」，而非根據「拿到多少資料」，其收費規則為每讀取1GB的資料就收取200元費用，例如我們舉民國101年為例，門診明細（CD）為95G、門診醫令（OO）為351G、住院明細（DD）為2G、住院醫令（DO）為42G，若我們的研究是需要門診醫令及住院醫令的話，那麼這一年的資料讀取量就是490G，費用為490*200＝$98,000，這還只是一年的費用，因此若欲以特殊需求申請，必須考量到預算的問題。
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