（一） 原始資料檔
接著是原始資料檔，相較於基本資料檔，也就是無法一次拿到全台灣2300萬人的所有資料，而是要按照申請案的類型，看是「系統抽樣檔」或是「特殊需求申請」而提供某種特定個案的資料。按照我目前使用經驗，以下幾個檔案最常使用。
（1） 住院醫療費用清單明細檔（DD）
DD檔記載了每一個病人當次住院的各種費用明細、主次診斷（ICD-9）及主次手術/處置，DD檔的資料單位（unit）是每一次住院，但如果此人住院超過30天，醫療院所每30天要向健保局申報一次，若此人住院50天，則在DD檔則會有2次紀錄，因此要作「歸戶」的動作。
在研究健保資料庫時，DD檔是非常重要的檔案，因為可由DD檔判斷出非常多的醫療細節，至少包括：住院日期與出院日期（可算住院天數）、在院是否死亡（由轉歸代碼判斷）、本次出院診斷為何（1個主診斷、4個次診斷）、本次出院手術/處置為何（1個主、4個次）、醫療總費用及細項（例如手術費、藥費等）。
（2） 住院醫療費用醫令清單明細檔（DO）
DD檔是以住院為單位，其費用大都是分類過後的總費用，例如病人同一次住院期間可能做過好幾種手術，但DD檔只會有這一次住院的所有手術加總的費用；藥費也是一樣，DD檔只提供本次住院期間所有藥費的加總。
DO檔則是每一次住院的所有明細，統稱為醫令（Order），舉凡任何一項瑣碎的費用皆需記載在醫令檔，例如病人住院期間可能動了三種不同的手術，那麼在醫令檔中就可以找到這3筆醫令的資料，包括單價、數量及總價。DO檔的資料單位是醫令，有可能一次住院就申報了數百筆至數千筆的醫令，例如食鹽水、護理人員照護費、醫師診察費、A手術的手術費、B手術的手術費、加護病房費、各式各樣的耗材費，全部都詳細地記載在醫令檔之中。
醫令檔還有一個額外的用處，即由於DD檔的手術/處置碼只有5個（1個主+4個次），有些嚴重的病人在住院期間可能會作了很多處置或手術，而DD檔只能提供五個，此時可利用DO檔來判斷各種處置或手術。
（3） 門診處方及治療明細檔（CD）
CD檔記載了每一個病人當次門診的各種費用明細、主次診斷及主次手術/處置，CD檔的資料單位（unit）是每一次門診。一般用CD檔較常擷取的內容為診斷碼（3個診斷，沒分主或次）、手術/處置碼（僅有1個主手術代碼）、醫療總費用及細項（例如藥費、診察費等）。
值得注意的是，門診也有可能會有手術，例如疝氣手術、清創手術，因此CD檔有提供一個手術/處置碼。
（4） 門診處方醫令明細檔（OO）
相較於DO檔是住院醫令，OO檔則是記錄本次門診所開立的醫令，例如藥物明細，包括單價、數量及總價。
（5） 特約藥局處方及調劑明細檔（GD）與特約藥局處方醫令檔（GO）
GD跟GO則是「慢性病連續處方箋」的記錄檔，慢性病例如糖尿病、高血壓或高血脂等，由於罹患慢性病的病人通常病情比較穩定，不需要每個月為了拿藥又要回到醫院排隊、看診及批價，因此可以直接到一般藥局或診所領藥。例如以糖尿病為例，就是每三個月要領一次藥順便抽血檢查。
通常是作慢性病的藥物研究才會使用到GD跟GO檔，關於慢性病的涵蓋範圍與規定可參考健保局網站：http://www.nhi.gov.tw/AmountInfoWeb/iDesc.aspx?rtype=2&Q5C2_ID=889。
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