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三、MethodsItem no. 4-9

第二個部分是方法,多達 9 項(4-12),是 TRIPOD 最主要的內容,所以筆者分成兩篇撰述,以下分別解釋。

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現今的醫學研究在投稿時,雜誌社往往會要求檢附報告指引(Reporting guideline)的檢核表,主要是為了讓研究人員自我審視關於研究執行與報告的細節,是否符合規範。關於報告指引,筆者在過去曾經寫過綜合的介紹(https://reurl.cc/NpEade)、針對統合分析的 PRISMA checklisthttps://reurl.cc/ZrznkA)以及針對例行性收集資料的 RECORD checklisthttps://reurl.cc/Kpv6W9以及https://reurl.cc/oeqDMv)。

本篇文章主要欲介紹「TRIPOD statement」,為 Transparent Reporting of a multivariable prediction model for Individual Prognosis Or Diagnosis 的縮寫,是針對「多變項預測模型」的報告指引。跟其他報告指引一樣,「TRIPOD statement」有完整的發展歷程以及持續更新,可至官方網站下載最新文章與勘誤表等資訊(https://www.tripod-statement.org/)。

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值得注意的是,報表最下方有兩個「BIC」,要以第二個為主(N= 1063),數值是「-13285.31」。

接著執行三組皆為線性的組合「1 1 1」,只要將程式些微修改成『ngroups 3 ; order 1 1 1』即可。此時報表第二個 BIC 數值為「-13235.15」,我們用比較複雜模型「1 1 1」減掉比較簡單模型「1 1」的數值,然後再乘以兩倍,亦即 [-13235.15 – (-13285.31)] x 2 結果是正的「100.32」,這代表有非常強烈的證據顯示此時的複雜模型「1 1 1」的配適結果比較好。

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筆者在之前介紹了Group-based trajectory modelGBTM)的概念,本系列文章以 Bobby Jones 撰寫的 SAS 程式「Proc TRAJ」為例,以一個實際已發表的例子來示範操作流程。Bobby Jones 有固定在更新及維護這個程式,可至此網址下載最新程式以及參考說明(https://www.andrew.cmu.edu/user/bjones/)。

首先至網頁的「SAS download」頁面,根據作業系統與 SAS 版本下載程式的壓縮檔,根據網頁中的指示,將「traj.dll」放到作業系統(通常是 C 槽)的「sasexe」資料夾,以及其他檔案(dropoutplottrajplottrajplotnewtrajtest)放到「sasmacro」的資料夾。以我的電腦路徑為例,是C:\Program Files\SASHome\SASFoundation\9.4\core\sasmacro以及C:\Program Files\SASHome\SASFoundation\9.4\core\sasexe

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筆者之前有寫一篇關於Tidyverse的介紹,” R 資料的魔法師-Tidyverse (1)”,已經介紹了Tidyverse裡常用的package,包含readrtidyrTibbledplyr的使用,接下來筆者會針對剩下常用的package作介紹(如下圖所示)

 

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在資料科學的領域中,資料的處理大致是下圖的流程,從匯入資料、資料前處理(TidyTransform)、資料的探勘(視覺化:visualise、建模:model)、數據呈現。

 

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一   緣起:

筆者最近跟公司同事一起開發了一個網站 ”Stock buyer”,顧名思義,就是用來股票買賣的參考工具,有鑑於台股總開戶的人數從過去2015年961萬人到2020年1,124萬人,每一年新開戶的人數逐年的快速增加,特別是近幾年,每年都以一倍的人數增長,特別是20-30歲的年輕人增長的比率最快,剛好也是筆者這個年齡層。坊間也許多手機的app可供查詢股票合理價格,但鮮少有網頁版本可用,因此筆者跟同事們從台灣證券交易所、公開資訊觀測站透過Python去爬蟲所需的資料,加以整理與應用,開發了目前的”Stock buyer”網站version 1。

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在做研究的過程中,最重要的就是如何透過表格以及圖形呈現重要的研究結果發現,在醫學研究的論文中,一般而言,表一(Table 1)都會先呈現研究族群的基本資料,因為大多數的研究幾乎都會需要表一,但如果是人工把分析的數字貼到word上再加以整理,難免會有貼錯的狀況,如果表格內容較多的時候可能一眼也不容易檢查出來,這樣會造成一些不必要的錯誤。

所幸有厲害的開發者Kazuki YoshidaR上面開發了一個package “tableone”,讓使用者可以快速的製作表一而不出錯,tableone可以應付常見的表一分析,筆者這次先示範產生不分組描述性統計的結果,之後會再針對分組比較的分析做進一步的說明跟示範。

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當研究所寫的文章是要用來投稿時,除了需要提到所使用的軟體以外,另外也要針對軟體的部分加以說明,包含軟體的版本,發行時間,機構名稱,以及城市/國家,因為最近剛好遇到客戶有這方面的需求,所使用的軟體為SPSSAMOS,我想大家的版本應該都有所不同,因此搜集了一下資料,分享給大家做使用。

首先是SPSS的部分,由於SPSS2009年時被IBM收購,因此在這之前與之後就會出現兩種格式的分水嶺,在收購前的18版本以前,屬於SPSS公司發行,而19版之後,則是IBM公司發行,以下是IBM官網中所提供引用寫法

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